W nadleśnictwie Ustroń występują następujące obiekty ochrony przyrody:
5 rezerwatów przyrody, w tym 1 objęty ochroną ścisłą - "Zadni Gaj", "Kopce", "Czantoria", "Skarpa Wiślicka", "Lasek Miejski n/Olzą”
W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa istnieje również rezerwat florystyczny „Lasek Miejski nad Puńcówką”
Park Krajobrazowy Beskidu Śląskiego
Zatwierdzony obszar Natura 2000 na gruntach LP: „Dolina Górnej Wisły”,  Proponowane obszary Natura 2000 na gruntach LP: „Cieszyńskie Źródła Tufowe”, „Beskid Śląski”, inne obszary Natura 2000 w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa: „Kościół w Górkach Wielkich” i „Pierściec”
20 pomników przyrody z tego: – 13 pojedyńczych drzew (5 buków, 4 jawory, 2 jodły, 1 sosna posp., 1 cis), grupa 2 drzew (dąb, buk) oraz bluszcz – 5 Pomników przyrody nieożywionej – głaz narzutowy w oddz. 1a obr. Brenna (leśnictwo Górki), jaskinie: wszystkie w obrębie Brenna – 38c, 38d, 59a (leśnictwo Bukowa) oraz 113c (leśnictwo Stawy)
Miejsce gniazdowania ptaków – ochrona strefowa - Na terenie Nadleśnictwa zlokalizowana jest aktualnie 1 strefa ochrony gniazdowania dla orła bielika w leśnictwie Pierściec oraz 2 strefy ochrony bociana czarnego: w leśnictwie Dzięgielów i leśnictwie Kalembice
Użytki ekologiczne – na gruntach Nadleśnictwa brak, natomiast istnieją trzy w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa. Są to: „Góra Tuł”, „Łąki na Kopcach”, „Łęg nad Puńcówką”. Ponadto istnieje 13 proponowanych użytków ekologicznych w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa.
Zespoły przyrodniczo-krajobrazowe – nie występują na gruntach należących do Nadleśnictwa, natomiast w zasięgu terytorialnym znajdują się dwa: „Bluszcze na Górze Zamkowej” oraz „Lasek Miejski w Błogocicach”. Istnieje też propozycja utworzenia zespołu przyrodniczo- krajobrazowego - „Góra Bucze”
Gatunki chronionych i rzadkich roślin (limba, wawrzynek, bluszcz pospolity, podrzeń żebrowiec,pióropusznik strusi, paprotka zwyczajna, widłak jałowcowty, goździsty i wroniec, skrzyp olbrzymi, orlik pospolity, parzydło leśne, dziewięćsił bezłodygowy, centuria posp., buławnik wielkokwiatowy i mieczolistny, Ziemowit jesienny, konwalia, kukułka Fuchsa, plamista, szerokolistna, dianthus arenarius, kruszczyk szerokolistny, tojad mocny i sudecki, gółka długoostrowa, bluszcz pospolity, lilia złotogłów,listera jajowata, gnieżnik leśny, storczyki, podkolan biały, mieczyk dachówkowaty, naparstnica purpurowa, ciemiężyca zielona, goryczka trojeściowata, storczyki, omieg górski, cieszynianka, kruszyna pospolita, kalina koralowa, marzanka wonna, kopytnik pospolity,barwinek pospolity, pierwiosnek wyniosły i lekarski),
Gatunki chronionych owadów (nadobnica alpejska, biegaczowate, trzmiele),
Gatunki chronionych płazów (żaby np: ropucha szara, ropucha zielona, rzekotka, żaba trawna, żaba wodna, kumaki, traszki, salamandra plamista),
Gatunki chronionych gadów (zaskroniec zwyczajny, padalec, żmija zygzakowata, jaszczurka zwinka, jaszczurka zielona i jaszczurka żyworodna),
Gatunki chronionych ptaków (głuszec, bocian czarny, trznadel, potrzeszcz, potrzos, sikory, sowy, drapieżne, dzięcioły, jeżyk, kukułka, kulczyk, dzwoniec, szczygieł, jaskółki, piegża, muchołówki, pliszki, świergotek, pluszcz, strzyżyk, rudzik, słowiki, płochacz, kowalik, pełzacze, wilga, sroka, gąsiorek, srokosz, sójka, orzechówka, orzechówka, kawka, gawron, wrona, kruk, szpak, wróble, mazurek, zięba, drozdy, kulczyk, dzwoniec, szczygieł, czyż, makolągwa, krzyżodziób, dziwonia, gil, grubodziób),
Gatunki chronionych ssaków (podkowiec mały, gacek brunatny, nocki, jeż zachodnioeuropejski, kret, ryjówki, wiewiórka pospolita, chomik, karczownik ziemnowodny, rzęsorki, żbik, gronostaj, lis,łasica, wydra, niedźwiedź, wilk, ryś),

Na terenie gruntów nadleśnictwa Ustroń znajduje się pięć istniejących rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni 148,76 ha, w tym leśnej – 145,84 ha i związanej z gospodarką leśną – 2,92 ha:
1. Rezerwat „Kopce” – rezerwat częściowy o powierzchni 14,74 ha - utworzony „Zarządzeniem MLiPD z 18.12.1953 r. w celu zachowania zespołów leśnych naturalnego pochodzenia” (MP 1954, A-1/21). Chroni cenne fragmenty lasu mieszanego z lipą i wieloma rzadkimi roślinami runa. Rezerwat ten znajduje się w oddz.206c-h obrębu Hażlach. Typ rezerwatu: Fitocenotyczny zbiorowisk leśnych - lasów górskich i podgórskich.
2. Rezerwat „Skarpa Wiślicka” - rezerwat częściowy o powierzchni 27,38 ha - utworzony „Zarządzeniem MOŚZNiL z dnia 12.11.1996 r. w celu zachowania drzewostanów bukowych oraz łęgów z pomnikowymi okazami buka i jesionu” (MP 1996, 75-688). Rezerwat ten obejmuje poddziały 74b,d oraz 75a-g obrębu Hażlach. Typ rezerwatu: Fitocenotyczny zbiorowisk leśnych - lasów górskich i podgórskich. Przedmiotem ochrony są dobrze zachowane zespoły lasów podgórskich, oraz liczne stanowisko cieszynianki wiosennej (Hacquetia epipactis). Celem ochrony jest zachowanie ze względów naukowych i dydaktycznych d-stanów bukowych, wiązowych oraz łęgów z pomnikowymi okazami buka i jesiona. Istotą rezerwatu „Skarpa Wiślicka” jest dobrze zachowany, rzadki w tej okolicy fragment lasu, który nie został zajęty pod uprawy rolne, dzięki ukształtowaniu terenu. Wyróżniono tu dobrze wykształcony podgórski łęg jesionowy (Larici remotae- Fraxinetum). Drzewostan budują tu okazałe jesiony oraz wiązy z domieszką: graba, dębu, jawora i czereśni. Stwierdzono również żyzną buczynę czosnkową (Dentario glandulosae- Fagetum allietosum) z d-stanem bukowym. W rezerwacie występuje fragment sztucznej świerczyny. Najważniejsze osobliwości: Wawrzynek wileczełyko (Daphne mezereum); śnieżyczka przebiśnieg (Galanthus nivalis), cieszynianka wiosenna (Hacquetia epipactis), storczyk blady (Orchis pallens), bluszcz (Hedera helix), barwinek (Vinca minor), oraz pomnikowa jesiony i wiązy.
3. Rezerwat „Zadni Gaj” - rezerwat częściowy o powierzchni 5,73 ha - powołany „Zarządzeniem MLiPD z dnia 30.08.1957 r. w celu ochrony cisa” (MP 1957, 75/463) Znajduje się on w oddziale 122d, i, j obrębu Ustroń. Typ rezerwatu: Florystyczny krzewów i drzew - lasów górskich i podgórskich. Przedmiotem ochrony jest stanowisko cisa pospolitego. Najważniejsze osobliwości: Cis pospolity (Taxus baccata); wawrzynek wilczełyko (Daphne mezereum).
4. Rezerwat „Lasek Miejski nad Olzą” - rezerwat ścisły o powierzchni 3,23 ha - „Zarządzeniem MLiPD z dnia 21.10.1961r. w celu ochrony lasu mieszanego o charakterze pierwotnym oraz stanowisko rzadkiej rośliny - cieszynianki” (MP 1961, 84/352). Rezerwat ten znajduje się w oddz.103x obrębu Ustroń. Typ rezerwatu: Florystyczny roślin zielnych i krzewinek - lasów górskich i podgórskich. Teren ten został uznany za rezerwat w celu ochrony naturalnego lasu liściastego o charakterze grądu i łęgu ze stanowiskiem cieszynianki. Lasek nad Olzą stanowi w całości las pochodzenia naturalnego. Jest to zespół grądu subkontynantalnego (Tilio-Carpinetum) z drzewostanem grabowo- dębowo- lipowym z domieszką jawora, modrzewia, klona i jesiona w wieku ok. 180 lat, z licznymi okazami pomnikowymi. W runie występują liczne stanowiska cieszynianki wiosennej (Hacquetia epipactis).
5. Rezerwat „Czantoria” - rezerwat częściowy o powierzchni 97,68 ha - powołany „Zarządzeniem MOŚZNiL z dnia 12.11.1996 r. w celu ochrony dolnoreglowych zbiorowisk leśnych o charakterze naturalnym” (MP 1996; 75/675). Znajduje się on w oddziałach 52, 55 i 55Aa-d obrębu Ustroń. Typ rezerwatu: Fitocenotyczny zbiorowisk leśnych - Lasów mieszanych górskich. Przedmiotem ochrony są dolnoreglowe siedliska o charakterze naturalnym, oraz stare, naturalne d-stany z miejscowym ekotypem świerka. Celem ochrony jest zachowanie ze względów naukowych i dydaktycznych dolnoreglowych zbiorowisk leśnych o charakterze naturalnym. D-stany na tym obszarze liczą od kilkunastu do 140 lat. W przewadze jest buk a oprócz niego, świerk, jodła, jawor, jesion. Wyróżniono tu żyzną buczynę w różnych postaciach (Dentario glandulosae- Fagetum), kwaśną buczynę (Luzulo nemorosae- Fagetum), jaworzynę karpacką (Sorbo-Aceretum). Szczególną wartość mają zbiorowiska z d-stanem jesionowo-jaworowym znane ze Słowacji i Moraw jako Mercuriali- Fraxinetum.