Ochrona zasobów przyrody to jedno z kluczowych zadań leżących w gestii Nadleśnictwa. Rangę tego zagadnienia podkreśla dokument stanowiący integralną część Planu Urządzenia Lasu dla Nadleśnictwa Prudnik – Program Ochrony Przyrody. Dokument ten zawiera charakterystykę form ochrony przyrody, opis walorów przyrodniczych lasów w zarządzie nadleśnictwa, obraz zniekształceń zbiorowisk lesnych oraz wytyczne do organizacji gospodarstwa leśnego, regulacji użytkowania zasobów i wykonywania prac leśnych.

Wg zapisów programu lasy zarządzane przez Nadleśnictwo Prudnik  objęte są następującymi formami ochrony przyrody:

1. Park krajobrazowy „Góry Opawskie”

2. 2 rezerwaty przyrody

3. 3 obszary chronionego krajobrazu

4. 1 obszar Natura 2000

5. 10 pomników przyrody

6. 3 strefy ochronne wokół miejsc gniazdowania ptaków

7. ochrona gatunkowa grzybów, roślin i zwierząt