
W celu ochrony zakładanych i istniejących upraw przed zwierzyną stosuje się różne metody takie jak grodzenia upraw siatką leśną, indywidualne osłonki siatkowe, palikowanie a także repelenty – środki chemiczne, które zabezpieczają sadzonki i drzewka starsze przed zgryzaniem i spałowaniem.
Grodzenia siatką stosuje się najczęściej w celu zabezpieczania upraw z gatunkami liściastymi – dąb, buk, jesion, ponieważ właśnie te gatunki są przysmakiem saren i jeleni. Zwierzęta te w młodych uprawach powodują szkody nazywane przez leśników zgryzaniem. Polegają one na uszkadzaniu – zgryzaniu wierzchołkowych części pędów młodych drzew wraz liśćmi i pączkami. Zgryzaniu najmłodszych sadzonek często towarzyszy ich wyrywanie razem z systemem korzeniowym, ponieważ jeleniowate nie posiadają siekaczy w górnej szczęce – podcinają pęd dolnymi siekaczami i odrywają pęd przez szarpnięcie głową, co częstokroć powoduje wyrwanie sadzonki.
Dla ochrony pojedynczych sadzonek drzew liściastych stosuje się specjalne osłonki indywidualne, które pozwalają sadzonce osiągnąć wysokość uniemożliwiającą już zgryzienie pączka szczytowego.
Spałowanie to szkoda polegająca na zdzieraniu kory z pni drzew przez niektóre ssaki. Spałowana kora jest zjadana. Najczęstszymi sprawcami spałowania są jeleń, łoś, daniel i wyjątkowo sarna. Uszkodzone miejsca na pniu nazywane są „spałami”. W zależności od pory roku, w której nastąpiło uszkodzenie mają różne kształty. Największe uszkodzenia to tzw. „spały letnie”. Związane jest to z wiosennym ruszeniem soków. Zwierzę podcina korę siekaczami i szarpnięciem głowy odrywa łatwo oddzielające się kawałki. Długość spał letnich często przewyższa zasięg głowy zwierzęcia. W okresie późnej jesieni i zimy, gdy soki w roślinach przestają krążyć i kora trudno oddziela się od pnia jeleniowate zestrugują ją za pomocą siekaczy. Powstała w ten sposób „spała zimowa” jest mniejsza i znacznie łatwiej ulega zabliźnieniu.
Prócz gatunków jeleniowatych szkody w lasach powodują również gryzonie (norniki, mysz leśna, mysz zaroślowa i inne). Mogą one ogryzać korę na młodych sadzonkach, zgryzać pędy czy podgryzać korzenie. Masowe pojawianie się gryzoni może stanowić przeszkodę w prowadzeniu prawidłowej gospodarki leśnej. W celu ograniczenia gryzoni, na nowo zakładanych uprawach budowane są specjalne „wysiadki” – czatownie dla ptaków drapieżnych, których główny pokarm stanowią właśnie gryzonie.