Posadzenie nowego pokolenia lasu i prowadzenie zabiegów hodowlanych to jeszcze nie wszystko. Na lasy w każdej grupie wiekowej mają wpływ szkodliwe czynniki zewnętrzne. To naturalne szkodniki roślinne i zwierzęce ( grzyby, wirusy, bakterie, owady i inne zwierzęta - w tym głównie jeleniowate ).      Oprócz szkodliwych czynników naturalnych wywodzących się ze świata przyrody ożywionej, dochodzą jeszcze wzmożone działania przyrody nieożywionej. Przed niektórymi z tych niekorzystnych czynników lasy bronią się same, niejako w sposób naturalny. Przed wieloma zagrożeniami ze świata przyrody ożywionej nie są w stanie się obronić i wymagają troskliwej opieki leśników.
 

   Lasy Nadleśnictwa Kup mają obniżoną zdrowotność. Nakłada się na to szereg czynników. Podstawowy, to wprowadzenie przed wielu laty - w miejsce borów mieszanych - drzewostanów jednogatunkowych. Wprawdzie dawały one duże korzyści ekonomiczne (wysoka produkcja), lecz jednocześnie były podatne na wpływ szkodników. Dziś te lasy z powrotem przebudowuje się z jednogatunkowych na odporniejsze, wielogatunkowe. Choć cały obszar nadleśnictwa znajduje się pod wpływem  zanieczyszczeń przemysłowych powietrza, to uszkodzenia drzewostanów są niewielkie (I stopnia)
     Podczas klęsk żywiołowych lasy są bezbronne, a leśnicy bezsilni. Ich rola ogranicza się wówczas do zmniejszania niekorzystnych następstw klęski i usuwania jej skutków. 
Jedną z takich klęsk była powódź, która w lipcu 1997 roku zalała lub podtopiła 4324 ha lasów (co stanowi ponad 20 % powierzchni nadleśnictwa). Jak wspomniano już wcześniej, lasy Nadleśnictwa Kup są silnie uwilgotnione. Czynnik ten sprawia, iż są one wrażliwe na wpływy wiatrów. Na przykład huragany z przełomu X/XI 2002 roku powaliły w kupskich lasach blisko 84 000 m3 drewna. To znacznie więcej niż rocznie pozyskuje się drewna w ramach cięć tzw. planowych. Dane statystyczne z lat 1981 – 2003 pokazują, że drewno pozyskane z cięć wymuszonych (poklęskowych) rocznie stanowiło około 57 % masy.
    Podatność kupskich lasów na wpływy niekorzystnych czynników przyrody nieożywionej  sprawia, że osłabione drzewostany są mocno atakowane przez grzyby (wśród nich najważniejsze to; opieńka miodowa, osutka sosny i mączniak dębowy) i owady ;
 C e t y ń c e (atakują dorosłe sosny) – jeszcze kilka lat temu wykładano rocznie po około 1300 pułapek klasycznych. Obecnie, z braku realnego zagrożenia, odstąpiono od wykładania pułapek.
 P r z y p ł a s z c z e k   g r a n a t e k – stałe zagrożenie drzewostanów sosnowych
 K o r n i k   d r u k a r z (szkodnik świerka) – rocznie wykłada się około 150 – 180 pułapek klasycznych i około 800 pułapek feromonowych.
 S z e l i n i a k   s o s n o w y  (atakuje młode sosny) – rocznie szkody notowane na około 300 ha. Wymaga to wyłożenia około 5 000 – 6 000 sztuk pułapek w ciągu roku.
 O s n u j a   g w i a ź d z i s t a  ( nękający szkodnik sosny) – średniorocznie występuje na ponad 300 ha i wymaga zwalczania chemicznego (opryski samolotowe).
    Oprócz w/w wymienionych dość licznie występują inne szkodniki np. drwalnik paskowany, rytownik pospolity, boreczniki, rozwiertek czy zwójka zieloneczka. Skala ich występowania i znaczenie gospodarcze są mniejsze.

     Istotne szkody wyrządzają w drzewostanach jeleniowate. Leśnicy zawsze stoją tu przed nierozstrzygniętym odwiecznym pytaniem; „ Las, czy zwierzyna ? ” Jak pogodzić prawo zwierząt takich jak jeleń, daniel czy sarna do swobodnego zamieszkiwania lasów, z groźbą wyrządzania dotkliwych szkód przez te zwierzęta. Zgryzanie sadzonek, ich wydeptywanie, spałowanie i czemchanie. Działania te jeśli nie prowadzą do uśmiercenia młodych drzewek, to sprawiają, że z drzewek okaleczonych wyrastają lasy o obniżonej wartości technicznej drewna. Stąd  prowadzenie wielu kosztownych działań w celu ochrony (szczególnie młodych) drzewostanów przed presją zwierzyny.
    Najcenniejsze gatunki drzew wysadzane na uprawy leśne wymagają ogrodzeń siatkowych. Rocznie w Nadleśnictwie Kup grodzi się około 20 – 30 ha upraw. Podobną powierzchnię zabezpiecza się corocznie stosując wszelkiego rodzaju zabezpieczenia mechaniczne ( osłonki plastikowe i metalowe, palikowanie modrzewi). Najczęstszym sposobem zabezpieczania upraw przed zgryzaniem lub spałowaniem, jest smarowanie części wierzchołkowych lub strzałek drzewek tzw. repelentami – nietoksycznymi środkami chemicznymi zniechęcającymi zwierzynę płową do zgryzania lub spałowania. Zabiegi te prowadzi się w nadleśnictwie  przeciętnie na 140 – 150 hektarach rocznie.
    Wielkoobszarowe monokultury iglaste stwarzają duże zagrożenie pożarowe. Dlatego
    Lasy Nadleśnictwa Kup należą do I-szej, najwyższej kategorii zagrożenia. Przeciętnie w ciągu roku ma miejsce około 23 pożarów, które przeciętnie trawią po około 0,6 ha lasu. Daje to łącznie powierzchnię około 14 ha rocznie. Jako główną przyczynę pożarów wskazuje się podpalenia. Na terenie nadleśnictwa znajdują się dwie nowoczesne wieże obserwacyjne     ( w miejscowościach Surowina i Kaniów). W Nadleśnictwie Kup działa (jeden z trzech w RDLP Katowice) punkt prognostyczny zagrożenia pożarowego.