Na terenie Nadleśnictwa Andrychów znajdują się cztery leśne rezerwaty przyrody :
1. Madohora o pow. 38,20 ha - położony w przyszczytowej partii góry Madohora zwanej Łamaną Skałą. W zasięgu działania Nadleśnictwa Andrychów znajduje się północna jego część. Utworzony został w roku 1960 z inicjatywy prof. Szafera. Szczyt Madohory stanowią wychodnie piaskowca i zlepieńca istebniańskiego, stanowiącego dogodne podłoże do występowania gatunków charakterystycznych dla siedliska boru wysokogórskiego. Niższe polożenia rezerwatu to buczyna karpacka związana z glebami powstałymi z bogatszych warstw godulskich.
2. Przeciszów o pow. 85,13 ha - najmłodszy z rezerwatów położonych na terenie Nadleśnictwa Andrychów. Utworzony został w drugiej połowie lat dziewięćdziesiątych dla zachowania wielogatunkowego lasu grądowego.
Rezerwat jest enklawą roślinności leśnej polożoną wśród gruntów rolnych.
3. Żaki o pow. 11,84 ha - podobny w charkterze do poprzedniego i podobnie jak Przeciszów położony w dolinie Wisły i bezpośrednim jej sąsiedztwie. Podłoże gleb stanowią utwory akumulacji rzecznej.
4. Buczyna na Zasolnicy o pow. 16,65 ha - utworzony ze względu na zbliżony do naturalnego charakter występujących tu drzewostanów bukowych. Oprócz walorów przyrodniczych posiada walory krajobrazowe. Stok z litą buczyną wyrastający jak gdyby z równiny widoczny jest z drogi z Kobiernic do Żywca.
Ponadto na terenie Nadleśnictwa znajduje się 8 pomników przyrody w tym: klon jawor (260 cm obwodu), lipa drobnolistna (315 cm), jodła pospolita (350 cm), 2 czereśnie ptasie (203 i 168 cm), wiąz górski (292 cm) oraz dwie wychodnie skał. Wędrując szlakami przez andrychowskie lasy można się natknąć na wiele chronionych i rzadkich roślin i zwierząt.
W zasięgu terytorialnego działania Nadleśnictwa zlokalizowane są cztery obszary Natura 2000, z czego trzy związane są z tzw. „dyrektywą ptasią”, a jeden to obszar „siedliskowy”
W obszarach dyrektywy ptasiej drzewostany nie stanowią szczególnie znaczącej powierzchni.
„Stawy w Brzeszczach” (PLB120009) na gruntach Nadleśnictwa zajmują powierzchnię 90,51 ha. „Dolina Dolnej Soły” (PLB120004) obejmuje 111,77 ha gruntów leśnych Lasów Państwowych, zaś w „Dolinie Dolnej Skawy” (PLB120005) nadleśnictwo posiada 159,32 ha lasów.
„Naturowy” obszar „Beskidu Małego” (PLH240023) to domena gruntów leśnych Skarbu Państwa. Spośród nich w zarządzie Nadleśnictwa Andrychów znajduje się 1531,11 ha lasów. Trzon stanowią żyzne i kwaśne buczyny (9130, 9110). Fragmentarycznie zainwentaryzowane zostały: bór dolnoreglowy – górski bór świerkowy (9410), jaworzyny (9180b) oraz łęgi wierzbowo – topolowe, jesionowe i olszowe (91E0c)
Poza wyznaczonym i zatwierdzonym obszarem podczas inwentaryzacji przyrodniczej na terenie Nadleśnictwa Andrychów skartowano również grądy (9170) i niżowe łęgi (91E0b).
