Najcenniejsze fragmenty lasów Nadleśnictwa zostały objęte ochroną poprzez utworzenie rezerwatów przyrody:
Rezerwat Kopce - o powierzchni 14,76ha - chroni cenne fragmenty lasu mieszanego z lipą i wieloma rzadkimi roślinami runa.
Rezerwat Zadni Gaj - o powierzchni 8,77ha - chroni naturalne stanowisko cisa.
Rezerwat Skarpa Wiślnicka - o powierzchni 24,17ha - chroni drzewostany bukowe oraz łęgi z pomnikowymi okazami buka i jesionu.
Rezerwat Czantoria - o powierzchni 97,71ha - chroniący dolnoreglowe zbiorowiska leśne o charakterze naturalnym.
Rezerwat Lasek Miejski nad Olzą - o powierzchni 3,23ha - chroniący fragment lasu mieszanego o charakterze pierwotnym oraz stanowisko rzadkiej rośliny - cieszyniankli wiosennej.

Część lasów Nadleśnictwa (ok. 7 000ha) znajdują się na obszarze Parku Krajobrazowego Beskidu Śląskiego.

Wokół Ustronia wydzielone zostały lasy uzdrowiskowe o powierzchni 1 719ha, zapewniające kuracjuszom odpowiedni mikroklimat.

Na obszarze Nadleśnictwa zlokalizowane są obszary sieci Natura 2000:
Dolina Górnej Wisły - o powierzchni 24 767,5ha -  Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków

Lasy Nadleśnictwa wchodzą w skład
Leśnego Kompleksu Promocyjnego
”Lasy Beskidu Śląskiego”
powołanego Zarządzeniem nr 30 Dyrektora Generalnego Lasów Państwowych  z dnia 19.12.1994r., Całkowita powierzchnia LKP wynosi 39 780 ha i Nadleśnictwo Ustroń tworzy je razem z Nadleśnictwami: Bielsko, Wisła i Węgierska Górka.

Zgodnie z Zarządzeniem Nr 16 MOŚZNiL z dnia
24 stycznia 1996 r. całość lasów Nadleśnictwa Ustroń uznano za ochronne.